历任美国马里兰大学法学院研究顾问，美国波士顿第一银行法律顾问，美国纽约华尔街柯尔迪兹律师事务所实习律师，后返回台湾担任“总统府”第一局副局长，兼政治大学法律研究所副教授。1982年，马英九出任蒋经国英语翻译。在1984年后的十五年中，他先后出任国民党中央副秘书长及多种行政职务。
1998年12月当选为台北市市长，2002年12月连任台北市市长。马英九是国民党第十三、十四届中央委员。1999年8月、2001年7月分别当选国民党中央常务委员。
2003年3月，当选为国民党副主席。2005年7月，以72.36%的得票率当选为中国国民党新一任党主席。
2007年2月13日，因在台北市长任内“特别费”的使用，而被台湾“高等法院检察署”起诉（后经台湾法院二审宣判无罪），马英九曾承诺若遭起诉即辞去中国国民党主席职务，乃于同日请辞党主席并化悲愤为力量，正式宣布参选2008年台湾“总统”。
2008年3月22日，台湾地区领导人选举举行了投票。中国国民党籍候选人马英九、萧万长获胜，得票765.87万张，得票率为58.45％。
2009年7月26日中国国民党主席换届选举结束，马英九以28万5354票当选新任党主席，得票率为92.51%。10月17日中国国民党第十八次代表大会在台北县新庄体育馆举行，马英九宣誓就任国民党主席。
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