同年获戈尔巴乔夫调任为苏共莫斯科市委第一书记。1987年11月至1989年5月任苏联国家建设委员会第一副主席。1989年3月，他89.4%得票率当选苏联国会议员，重返政坛，并成为「民主反对势力」实际领导人。1990年5月俄罗斯联邦举行第一次人民代表大会，他当选为俄联邦最高苏维埃主席，两个月后，在苏共28大上，叶利钦所代表的「民主纲领派」提出改造苏联社会的一系列措施，但未获大会接纳，会议结束后他随即宣布退出苏联共产党，结束近30年的共党生涯。1991年12月25日，苏联总统戈尔巴乔夫宣布辞职，将国家权力移交给俄罗斯总统。苏联作为一个主权国家正式停止存在而灭亡。叶利钦接管了戈尔巴乔夫的全部权力，以57.4%得票进一步当选俄罗斯联邦总统。
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